MR pregledom je moguće dobiti precizan prikaz svih anatomskih struktura u regiji baze lobanje i vrata (paranazalne šupljine, usna duplja, jezik, ždrelo, grkljan, dušnik i jednjak), kao i prikaz glandularnih struktura (parotidne, submandibularne i sublingvalne pljuvačne žlezde; štitna žlezda i patološka uvećanja paratiroidnih žlezda).
Takođe je moguće pozdano prikazati status limfonoda u bazi lobanje, vrata i gornje aperture toraksa.